如果发生胚胎停育，母体会出现一系列的改变以利其排出体外。首先是雌孕激素下降，机体对胚胎产生免疫排斥的效应，母体和胚胎之间的血管形成血栓发生离段，在这过过程中可能导致阴道出血。此时的出血表现我们称之为先兆流产，是胚胎要排出体外的信号。这需要和胚胎正常发育过程中的阴道出血相鉴别，胚胎正常发育过程中如果因为局部血管破裂可以表现为阴道出血，此时的出血不会导致胚胎排出体外因此不能称之为先兆流产。
在胚胎排出的过程中会出现短暂的下腹疼痛。胚胎停育后早孕反应可以会减轻，但早孕反应本身就会因个体差异而不同，因此不能用早孕反应来判断胚胎发育的情况。大多数孕妇胎儿停止发育后无明显症状，需通过激素检查结合早孕期超声检测明确诊断。
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
夫妻一方出现染色体平衡易位容易导致胚胎出现染色体异常从而造成胚胎停育。其导致胚胎染色体异常的机制为夫妻染色体交融时易产生染色体片段丢失或重复，从而导致受精卵染色体异常而不能正常发育，可导致流产、死胎、畸形儿，故染色体易位夫妇孕中期需进行产前诊断，以防止染色体病患儿出生。染色体异常，从理论上讲均有分娩正常核型及携带者婴儿的机会，对这些夫妇做产前诊断，确保生育正常的婴儿。
精子携带遗传物质异常可以导致胚胎停育，但是畸形精子是指精子的外观形态并非指精子所携带的遗传物质。精子形态学评估被用于评估男性的生育能力，畸形精子是指在自然状态下没有机会和卵子见面的精子，因此畸形精子携带遗传物质是否正常并不重要。因此畸形精子和自然流产没有关系。精子畸形率是评估精液指标的一个百分比，在对精子畸形率进行评估时必须结合精子的总数进行评估。
胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。但是目前我们没有办法明确停育的原因是否是因为母体对胚胎的排斥导致的。但是从逻辑上讲如果是母体排斥导致的胚胎停育应该发生的相对较早，而非有胎心之后的停育。封闭抗体只是进行免疫治疗后的对照指标而不能做为胚胎停育的病因学诊断。绝大多数女性在非孕期封闭抗体都是阴性的，即使在妊娠中期也只有少数女性的体内能够检测到封闭抗体。
感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨细胞病毒可引起过期流产、胎死宫内等。母体发生感染后病原体可通过血行使胎盘感染，引起绒毛膜和毛细血管内皮受损，破坏胎盘屏障，病原体进入胎儿导致流产、胚胎停止发育及胎儿畸形图。近年来许多研究表明支原体感染可能与胚胎停止发育有关，但是也有学者提出支原体可以是人体的正常菌群，通过在反复流产群体中的筛查发现的支原体只能称之为支原体存在而非支原体感染。
妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。环境类激素可直接作用于中枢神经内分泌调节系统，引起生殖激素分泌紊乱，出现生殖率下降和胚胎发育异常。造成流产的环境因素多种多样，其中包括
射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属铝、铅、汞、锌影响受精卵着床或直接损害胚胎而导致流产。各类化学药物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉气体、口服抗糖尿病药等可干扰、损害生殖功能，致胚胎流产、死胎、畸形、发育迟缓及功能障碍。以及不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。
如果发生胚胎停育，母体会出现一系列的改变以利其排出体外。首先是雌孕激素下降，机体对胚胎产生免疫排斥的效应，母体和胚胎之间的血管形成血栓发生离段，在这过过程中可能导致阴道出血。此时的出血表现我们称之为先兆流产，是胚胎要排出体外的信号。这需要和胚胎正常发育过程中的阴道出血相鉴别，胚胎正常发育过程中如果因为局部血管破裂可以表现为阴道出血，此时的出血不会导致胚胎排出体外因此不能称之为先兆流产。
在胚胎排出的过程中会出现短暂的下腹疼痛。胚胎停育后早孕反应可以会减轻，但早孕反应本身就会因个体差异而不同，因此不能用早孕反应来判断胚胎发育的情况。大多数孕妇胎儿停止发育后无明显症状，需通过激素检查结合早孕期超声检测明确诊断。
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
夫妻一方出现染色体平衡易位容易导致胚胎出现染色体异常从而造成胚胎停育。其导致胚胎染色体异常的机制为夫妻染色体交融时易产生染色体片段丢失或重复，从而导致受精卵染色体异常而不能正常发育，可导致流产、死胎、畸形儿，故染色体易位夫妇孕中期需进行产前诊断，以防止染色体病患儿出生。染色体异常，从理论上讲均有分娩正常核型及携带者婴儿的机会，对这些夫妇做产前诊断，确保生育正常的婴儿。
精子携带遗传物质异常可以导致胚胎停育，但是畸形精子是指精子的外观形态并非指精子所携带的遗传物质。精子形态学评估被用于评估男性的生育能力，畸形精子是指在自然状态下没有机会和卵子见面的精子，因此畸形精子携带遗传物质是否正常并不重要。因此畸形精子和自然流产没有关系。精子畸形率是评估精液指标的一个百分比，在对精子畸形率进行评估时必须结合精子的总数进行评估。
胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。但是目前我们没有办法明确停育的原因是否是因为母体对胚胎的排斥导致的。但是从逻辑上讲如果是母体排斥导致的胚胎停育应该发生的相对较早，而非有胎心之后的停育。封闭抗体只是进行免疫治疗后的对照指标而不能做为胚胎停育的病因学诊断。绝大多数女性在非孕期封闭抗体都是阴性的，即使在妊娠中期也只有少数女性的体内能够检测到封闭抗体。
感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨细胞病毒可引起过期流产、胎死宫内等。母体发生感染后病原体可通过血行使胎盘感染，引起绒毛膜和毛细血管内皮受损，破坏胎盘屏障，病原体进入胎儿导致流产、胚胎停止发育及胎儿畸形图。近年来许多研究表明支原体感染可能与胚胎停止发育有关，但是也有学者提出支原体可以是人体的正常菌群，通过在反复流产群体中的筛查发现的支原体只能称之为支原体存在而非支原体感染。
妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。环境类激素可直接作用于中枢神经内分泌调节系统，引起生殖激素分泌紊乱，出现生殖率下降和胚胎发育异常。造成流产的环境因素多种多样，其中包括
射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属铝、铅、汞、锌影响受精卵着床或直接损害胚胎而导致流产。各类化学药物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉气体、口服抗糖尿病药等可干扰、损害生殖功能，致胚胎流产、死胎、畸形、发育迟缓及功能障碍。以及不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。