抽动秽语综合征的发病机制尚不清楚，基因缺陷可导致神经解剖异常及神经生化功能紊乱，多数学者推测本病与基底核、前额叶、边缘系统等部位神经元功能紊乱有关，其发病可能是遗传因素、神经生化代谢及环境因素，在发育过程中相互作用的结果。
性激素及兴奋性氨基酸的作用：最近的研究认为基底神经节和边缘系统等具有基本生殖功能的脑区发育异常，可能与抽动秽语综合征有关。这些特殊脑区的发育异常均在性激素的控制之下，抽动秽语综合征患者的抽动，如触摸、摩擦、吸吮、嗅、骨盆挺伸与秽亵行为，可能是生殖行为的不恰当表现，而秽语及爆发性喉音如犬声、喘气声，这些含性内容的声音，则可能也是生殖行为的不恰当表现。
脑炎的患者，可有抽动秽语综合征的临床表现，这些患者的病理解剖和影像学检查发现，颞叶、基底核、丘脑、中脑盖部及中脑水管周围有病变，提示基底核或边缘系统的病毒感染，可能与抽动秽语综合征的发生有关。链球菌感染后自体免疫过程，可能与儿童抽动及强迫症状有关
抽动秽语综合征的发病机制尚不清楚，基因缺陷可导致神经解剖异常及神经生化功能紊乱，多数学者推测本病与基底核、前额叶、边缘系统等部位神经元功能紊乱有关，其发病可能是遗传因素、神经生化代谢及环境因素，在发育过程中相互作用的结果。
性激素及兴奋性氨基酸的作用：最近的研究认为基底神经节和边缘系统等具有基本生殖功能的脑区发育异常，可能与抽动秽语综合征有关。这些特殊脑区的发育异常均在性激素的控制之下，抽动秽语综合征患者的抽动，如触摸、摩擦、吸吮、嗅、骨盆挺伸与秽亵行为，可能是生殖行为的不恰当表现，而秽语及爆发性喉音如犬声、喘气声，这些含性内容的声音，则可能也是生殖行为的不恰当表现。
脑炎的患者，可有抽动秽语综合征的临床表现，这些患者的病理解剖和影像学检查发现，颞叶、基底核、丘脑、中脑盖部及中脑水管周围有病变，提示基底核或边缘系统的病毒感染，可能与抽动秽语综合征的发生有关。链球菌感染后自体免疫过程，可能与儿童抽动及强迫症状有关